Это давно и достоверно известно - производительности процессоров с тактовой частотой 16 Мгц недостаточно для привода шаговых двигателей, тем более не одного, а больше.
Библиотека AccelStepper довольно требовательна к тактовой частоте процессора.
Решение простое - сделать отдельный контроллер на более быстром и недорогом процессоре, например ESP8266, и передавать в него команды по Com порту с очередными параметрами для AccelStepper. Поставьте в ESP8266 тактовую частоту 160 Мгц и ваш вопрос решится положительно. Решение проверено на реальном проекте, результат положительный.