Нет COM порта после загрузки скетча. (LEONARDO)

Что вы хотите сделать ? Если залить прошивку - жмите ресет в самом конце компиляции …
Если увидеть вывод в Serial, который работает через USB - надо после Serial.begin(9600) надо ждать инициализацию Serial - while (!Serial);