При включении контроллера игнорировать концевой выключатель

так не бывает.
Может у вас запуск мотора АППАРАТНО заблокирован при опущенном концевике? - тогда, конечно, никакой код не поможет.

А если проблема софтверная - ее можно решить всегда.

Показывайте, как пытались решить проблему в коде. Только вставляйте код обязательно по правилам форума