Простая вроде задача... много C-type структур в текстовых .h файлах - как обработать пакетом?

Не понял вопроса. Это к вам предложение было, проверить алгоритмы на оптимальность. Я на работе периодически занимаюсь сокращением кода без потери функциональности. В больших проектах это сплошь и рядом.