Совет такой же банальный, как “мыть руки перед едой”. А именно - когда пользуетесь ИДЕ 2.х - всегда закрывайте окно Мониитора порта перед загрузкой нового кода в плату.
Если забыли и загрузка испортилась - закройте и откройте ИДЕ или в крайней случае перезапустите комп. Перешиать бутлоадер или переставлять софт не надо.
ИДЕ 1.х это было до фени, а в ИДЕ 2.х настройки порта безвозвратно портятся