Они и так неравномерно меняются. Единственный способ менять их равномерно - менять в тот момент, когда минута (секунда) сменяется в самих часах. Тогда они будут меняться точно раз в минуту (секунду).
Вот таблица настройки будильников из даташита
Как видите, чтобы прерывание срабатывало раз в секунду, нужно завести первый будильник, установив все биты настройки в 1.
А чтобы раз в минуту - завести второй будильник, также указав все биты настройки в 1.
Прерывание будет прилетать на ногу SQW (кажется, у неё нормальный уровень высокий, а когда прерывание - низкий, но могу забыть, надо проверить).
Это можно делать руками, а также это может сделать любая библиотека, умеющая настраивать будильники.
Я тут в другой теме писал коллеге про эту библиотеку:
Можно ли в этой библиотеке настраивать будильники, я даже смотреть не буду (может и можно, но смотреть не буду просто из гигиенических соображений). Переделайте на нормальную библиотеку, тогда посмотрим.