Странное поведение таймеров

Чую без ПИД-регулятора или иного не обойтись. Хотя если нагрузка всегда постоянна, то можно и подобрать значения для точной остановки.
Ааа, таймер 5 тактируется от внеш.входа?

Выкиньте Мегу, возьмите Стм32 - там для любого режима таймера буферизацию регистров можно включать и отключать.

Да нее. Режим СТС, счёт до значения ICR по сути и есть ШИМ без буферизации OCR. Точно так же можно настроить, например, сброс пина в 0 при достижении ICR и установку в 1 при достижении OCR.
В даташите так и написано, мол, режим предназначен для нечастого изменения модуля счёта и частого изменения регистра сравнения.

В режиме стс придется 4 раза запускать таймер чтобы получить доступ к событиям на 80 , 90, 95 и 100 тике придется запускать 80 10 5 и 5 городить дополнительный код, проверки в каком месте нахожусь. Буду смотреть в сторону СТМ