Искажения в форме сигнала генератора на atmega328

Нет, не ступенька. На этой фото видно ограничение нижнего полупериода синусоиды ( и всех остальных форм). Сместил рабочую точку резистором между базами и + питания.

кстати, ступенька обычно укладывается в КНИ 3%, а вот невидимое утолщение синусоиды на верхней полуволне даёт более 1%