Как поступать с несовпадением шага отверстий макетки и модуля?

Вполне распространенная проблема. Например HiLink не садятся нормально на 2,54. Либо гнуть, либо заказывать кастомную PCB

Можно еще сверлить. Я так релюшки на макетку сажаю ))

Какие там релюшки?
Самая что ни на есть Arduino Pro Mini.

PS. Про Arduino Uno я даже не говорю - там это сделано явно специально..

На сайте Ардуино в ФАКе где-то даже обьяснение есть - разводка Уно специально сделана так, чтобы шилд нельзя было одеть со смещением или повернув на 180 гр

Это легко можно было сделать и другими средствами.
А вот чтобы заставить пользователя покупать специальные макетки “для Ардуино” вместо использования любых других со стандартным шагом - самое действенное решение.